表观遗传水平-Illumina 人DNA甲基化芯片效劳
DNA甲基化在基因表达调控中饰演着主要的角色,加入生物体多种主要的生运气动。别的,DNA甲基化异常及其对基因表达的影响会导致人类的许多重大疾病的爆发,如癌症、神经疾病和糖尿病等。为了研究甲基化在人体内的主要作用,加速甲基化研究的临床希望,Illumina推出了高通量的450k甲基化芯片,并取得重大乐成。在此基础上,Illumina推出了新一代的升级版甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip(简称850k芯片),为研究者提供了一个更经济可靠的甲基化研究平台。
Infinium MethylationEPIC BeadChip(简称850k芯片)
850K芯片可检测人全基因组约853,307个CpG位点的甲基化状态,其中包括了原450K芯片91%的位点,并增添了413,745个位点。850K芯片不但坚持了对CpG岛,基因启动子区的周全笼罩,还特殊增强了增强子区(泉源于ENCODE及FANTOM5的研究希望)及基因编码区的探针笼罩?善毡橛τ糜诟上赴芯俊⒅琢龊推渌卮蠹膊⊙芯,是更适合于表观基因组全关联剖析研究(EWAS)的一款芯片。
850k芯片笼罩位点
1. 涵盖Infinium Methylation 450 BeadChip芯片中90%以上的位点
2. CpG岛以外的CpG位点
3. 人类干细胞中的非CpG甲基化位点(CHH位点)
4. 正常组织与肿瘤(多种癌症)组织差别甲基化位点
5. FANTOM5增强子
6. ENCODE开放染色质和增强子
7. 脱氧核糖核酸酶超敏位点
8. miRNA启动子区域
850k芯片优势
1. 周全的基因组笼罩规模:检测> 850,000个CpG位点,周全笼罩CpG岛、启动子、编码区及增强子。
2. 高质量的数据:沿用了450k芯片的Infinium手艺,同时接纳Infinium I及II探针设计,扩大检测规模。
3. 区分率高:单碱基区分率,可以直接检测到爆发甲基化的准确位点。
4. 可重复性高:自身手艺重复间的相关性以及与450K相同探针间的相关性R2 > 0.98。
5. 起始模板量低:仅需 250ng,大大节约了样品量。
6. 适用于FFPE样本