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前言

Infinium小鼠甲基化芯片笼罩的位点总结

2.高测定重现性：手艺复制的再现性>98%

Infinium小鼠甲基化芯片上小鼠肿瘤SMAD3敲除(KO) DNA样本的β值的手艺复制显示出>98%的r2值

样本要求

样品总量：每个样品总量不少于1ug。

样品浓度：最低浓度不低于50ng/ul。

样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间。

样品质量：基因组完整、无降解、无RNA污染。

样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输历程中请用封口膜将样本密封好，以防泛起污染。

部分效果展示

甲基化水平密度漫衍图

标准化Beta值的Boxplot图

PCA 聚类图

差别甲基化位点的热图

差别位点较量火山图

差别甲基化基因GO富集柱状图

差别甲基化基因KEGG富集气泡图

2. Mani S，Ghosh J，et al. Embryo cryopreservation leads to sex-specific DNA methylation perturbations in both human and mouse placentas. Human Molecular Genetics.2022

体外受精（IVF）与DNA甲基化异常和不良妊娠下场的爆发率较高有关。然而，在众多试管婴儿干预步伐中，哪些袒露导致了这些效果仍然未知。冷冻胚胎移植（ET）越来越多地被用作新鲜胚胎移植的替换品，但报告批注冷冻胚胎移植的先兆子痫和大于胎龄儿的爆发率更高。本项研究使用850K Infinium MethylationEPIC珠芯片阵列检测了人类胎盘中的DNA甲基化，对9名患者在接纳冷冻和新鲜胚胎移植一连有死后提供的胎盘举行配对亚组剖析。同时，使用Infinium Mouse Methylation BeadChip小鼠甲基化微珠芯片剖析来自新鲜和冷冻胚胎移植的八个小鼠胎盘。研究发明与新鲜胎盘相比，冷冻ET后的人和小鼠胎盘显著甲基化，并且这些表观转变具有性别差别性。小鼠和人类的转变之间的相似性强调了小鼠模子在评估体外受精怎样影响表观遗传景观方面的适用性，这关于获得人类组织的有限途径和在小鼠中疏散特定干预步伐的能力是有价值的。

3. Perez-Correa J F, Tharmapalan V，et al. Epigenetic Clocks for Mice Based on Age-Associated Regions That are Conserved Between Mouse Strains and Human. Front Cell Dev Biol. 2022

小鼠的朽迈可以通过基因组中特定位点的DNA甲基化转变来追踪。在本项研究中，作者使用最近宣布的Infinium Mouse Methylation BeadChip小鼠甲基化微珠芯片来较量C57BL/6（B6）和DBA/2J（DBA）小鼠中的这种表观遗传修饰。在这些常用的近交系小鼠菌株中视察到了与年岁相关的DNA甲基化的显著差别：在B6小鼠中，年岁相关的低甲基化盛行于CpG岛的集中甲基化，而在DBA小鼠中，CpG岛在朽迈时体现出相当低的甲基化。有趣的是，在B6和DBA小鼠中，年岁相关性最高的CpG仍然重叠，包括基因Hsf4、Prima1、Aspa和Wnt3a。其中Hsf4、Aspa和Wnt3a在人类同源区域的甲基化也与年岁高度显著相关。作者使用四个相关区域的焦磷酸盐测序建设了一个靶向表观遗传时钟，为其他研究职员剖析小鼠朽迈提供了一个通用工具。