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客户文章丨H6N6亚型禽流感病毒的遗传特征及其进化
宣布日期：2023-01-12浏览：
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文章提要：
禽流感是由禽流感病毒（Avian Influenza viruses，AIVs）引起的以呼吸系统病变或全身败血症为特征的禽熏染病 。现在，H6亚型AIVs已成为差别大陆野生鸟类和家禽中撒播的最主要的病毒亚型之一，且它们可与差别的病毒亚型重组 。有研究批注，H6亚型AIVs可以跨越物种屏障熏染包括人类在内的哺乳动物 。因此，对AIVs变异的普遍监测关于相识流感病毒盛行病学是须要的 。本文通过2021年新疏散的一株H6N6亚型AIV毒株ZJ49，剖析了H6亚型AIVs的遗传进化、重组和受体团结位点突变，探讨了其遗传进化纪律和分子特征，研究效果批注晰H6N6亚型AIVs可能会跨物种撒播并与高致病性病毒重组 。
手艺蹊径：
研究效果：
1. H6亚型流感病毒的空间漫衍
通过检测浙江收罗的923份家禽咽拭子和肛门拭子，作者从中疏散出一株鸡源性H6N6病毒（A/chicken/Zhejiang/49/2021，ZJ49） 。团结从数据库网络的2063个H6NX基因组序列，作者举行了H6NX亚型AIVs的空间漫衍剖析 。通过最大似然法举行的系统发育剖析批注，基于HA基因确定了13个遗传上差别的组，ZJ49疏散株位于G12组；基于NA基因将H6亚型AIVs分为N6.1和N6.2两个初级分支，ZJ49疏散株位于以H5N6亚型AIVs为主的N6.2e分支 。凭证基于H6N6内部片断构建的ML树，H6N6亚型AIVs主要在中国盛行 。
2. H6亚型流感病毒的时间漫衍
接下来作者使用TempEst探索序列比对中的时间信号，发明遗传差别与采样时间呈正相关，似乎适用于贝叶斯的系统发育分子钟剖析；垫脚石和路径采样预计要领批注贝叶斯天涯线是最佳拟合模子 。由于样本数目增添，H6亚型AIVs的有用数目巨细在1990年前后增添，2015年前后抵达峰值，2015年后下降，2018年后坚持在稳固水平 。
3. H6N6亚型AIVs的重组剖析
作者从GenBank网络了总共37个HXN6基因组序枚举行重组剖析，效果显示，H6N6亚型AIVs和H5N6亚型AIVs重组频仍 。为了探索ZJ49疏散株的重组事务，作者整合了与ZJ49基因靠近的序列以举行重组展望，效果显示ZJ49全基因组序列与H6N6亚型AIVs相似度最高，但ZJ49的PB2和PA基因更靠近H5N2，NA基因更靠近H5N6 。别的，作者也使用了其他要领检测ZJ49的重排，效果批注ZJ49疏散株与H5N6和H5N2爆发基因重排 。综上，ZJ49基因与H5亚型AIVs重组的可能性很高 。
